Ce qui nous importe dans la démonstration de J. Bouveresse, c’est de considérer que le mécanisme même de l’analogie et de son acceptation au sein du monde scientifique résulte d’un carence (absence ?) de toute forme de débat contradictoire, pourtant au cœur même de la méthode scientifique. Il est impressionnant de voir les réactions et les postures de " victimes " adoptés par les auteurs évoqués dans le livre de Sokal et Bricmont (chapitre 3) ; " Lorsqu’elle est dirigée contre des intellectuels d’une certaine catégorie, la critique, même la plus fondée, est par essence [dénoncée comme] policière et inquisitoriale " (p. 136). Bouveresse montre toute la difficulté pour le champ scientifique de se doter d’un cadre d’évaluation objectif, déconnecté des impératifs catégoriques de la médiatisation du savoir et de son appropriation par les règles du commerce (productivité dans le domaine du savoir, valorisation de la réflexion au regard de sa présence dans les médias, impact en terme de notoriété médiatique des auteurs…). Les formes de la valorisation médiatique semblent prendre de plus en plus d’influence au sein même du champ académique, renforcé en cela par l’auto-légitimation des intellectuels (p. 112). Pointant du doigt cette confusion des intérêts entre recherche et valorisation commerciale, J. Bouveresse plaide pour une autonomie de la réflexion scientifique, soucieuse d’élaborer le cadre de sa propre évaluation critique, en dehors des référentiels marchands ou parfois même mondains. Ainsi, il convient d’accorder toute son importance à un émancipation de la pensée scientifique d’une vision morale et littéraire de la méthode théorique ("On a finit, semble-t-il par apprécier en politique une forme d’austérité et de rigueur morale dans la conduite des affaires publiques. Mais on continue à pousser des cris d’horreur, dès qu’il est question de quelque chose de semblable dans les affaires intellectuelles " p. 119). Pour l’auteur, " la responsabilité que l’on peut attribuer à l’évolution de la science " est indissociable du comportement des scientifiques eux-mêmes (p. 100). Pour ce faire, il est important de s’interroger sur les formes démocratiques de l’évaluation scientifique. 

Mais en ce domaine J. Bouveresse est d’un incroyable pessimisme : " J’aimerai croire (…) que nous sommes effectivement en train d’évoluer, en matière politique et sociale, vers une forme de démocratie plus réelle. Mais, pour ce qui concerne le monde intellectuel, il est évident que nous prenons plutôt le chemin inverse. J’ai déjà fait remarquer il y a longtemps que la tendance caractéristique des intellectuels était plutôt, en général, de réclamer davantage de démocratie et de transparence dans tous les domaines, à l’exception, malheureusement, du leur. Ce qui est bon pour la société en général ne l’est manifestement pas pour la leur, qu doit rester organisée plutôt de façon oligarchique, hiérarchique, clanique et même, sur bien des points, carrément mafieuse. Il n’y a probablement guère de gouvernement qui soit moins républicain que celui de notre fameuse " République des Lettres ", qui, contrairement à ce que suggère son nom, ressemble nettement plus à une organisation de type tribal ; et les défenseurs les plus ardents des valeurs républicaines ne semblent plus guère capables de s’en étonner et a fortiori de s’en indigner. " (p. 122-123). Face à cette absence de toute démocratie interne au champ scientifique, J. Bouveresse ne peut que constater l’impossibilité d’une évaluation critique de la construction, de la diffusion, de l’évaluation et de la rigueur du savoir scientifique. Il n’est dès lors pas étonnant de constater à quel point ce même champ scientifique singe les règles de l’activité scientifique se calque sur celles de l’activité commerciale et médiatique : " Tout cela montre à quel point le système et la loi du marché, contre lesquels on continue à protester par obligation, sont aujourd’hui en réalité, acceptés et intégrés par les représentants de l’esprit " (p. 138). 

Comment la démarche scientifique peut-elle alors s’assurer de sa propre autonomie et de son indépendance ? Et que dire d’une société qui s’est structurée sur le mythe de l’approche positiviste et objective d’un savoir scientifique et qui se découvre une science régulée non pas par la démarche scientifique mais par les lois du marché ?